中華民國行政院環境保護署為環保標章計劃之最高決策及指導機關，其下設環保標章審議委員會，該會由委員九人至十三人組成，受聘於環境保護署署長。重要任務為審議適宜開放的環保標章商品、規格標準、標章及授與及撤銷案、環保標章制度之研定與修改，及其他有關環保標章管理監督等事項。受聘之委員包括下列機關團體及代表。

民間相關團體代表 2人 公平交易委員會 1人
經濟部標準檢驗局 1人 環境保護署 3人
經濟部工業局 1人 專家學者 3人
其他有關代表 2人

整個推動計畫則委託財團法人環境與發基金會。執行單位主要負責環保標章產品規格標準研擬、環保標章申請之初審及產品追蹤管核作業等，為環保署推動環保標章計畫之技術幕僚。